中共云南省水利水電投資有限公司委員會成立于2009年10月。

公司黨委下設1個二級黨總支（中共云南水投牛欄江滇池補水工程有限公司總支委員會）、7個二級黨支部（中共云南省水利水電投資有限公司機關支部委員會、中共云南水投水務產業有限公司支部委員會、中共云南水投牛欄江紅石巖堰塞湖工程建設有限公司支部委員會、中共云南省地方電力實業開發公司支部委員會、中共云南水投工程管理咨詢有限公司支部委員會、中共云南眾成爨玉實業有限公司黨支部、中共云南水投融生投資開發有限公司支部）、3個三級黨支部（中共云南水投牛欄江滇池補水工程有限公司機關支部委員會、中共云南水投牛欄江滇池補水工程有限公司泵站支部委員會、中共云南水投牛欄江滇池補水工程有限公司樞紐支部委員會）。

截至2021年1月，公司有組織關系在冊黨員242人（含預備黨員16人）。